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可以通过以下方式查询短信是用哪个号码发出的。
1、查看手机短信发送记录，如已保存相关记录，可以通过记录查看发送的短信使用的是哪个号码。
2、如果是智能手机，还可以尝试查看手机设置中的移动网络设置或双卡设置，查看默认发送短信的号码是哪一个。
3、如果使用的是双卡双待手机，可以尝试在发送短信时手动选择使用哪个号码，这样也可以确定发送短信的号码。
如果以上方法都无法确定，可以联系手机运营商客服查询短信发送记录，他们可以根据短信信息内台查询发送短信的号码，不过，为了保护用户隐私和信息安全，运营商可能会需要验证身份后才能查询相关信息。